root/OpenSceneGraph/trunk/examples/osgvolume/osgvolume.cpp @ 13850

Revision 13205, 42.5 kB (checked in by robert, 2 days ago)

Improved support for controlling the ShadingModel? via the VolumeSettings? object

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
Line 
1/* OpenSceneGraph example, osgvolume.
2*
3*  Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
4*  of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal
5*  in the Software without restriction, including without limitation the rights
6*  to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell
7*  copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is
8*  furnished to do so, subject to the following conditions:
9*
10*  THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
11*  IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
12*  FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL THE
13*  AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
14*  LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING FROM,
15*  OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER DEALINGS IN
16*  THE SOFTWARE.
17*/
18
19#include <osg/Node>
20#include <osg/Geometry>
21#include <osg/Notify>
22#include <osg/Texture3D>
23#include <osg/Texture1D>
24#include <osg/ImageSequence>
25#include <osg/TexGen>
26#include <osg/Geode>
27#include <osg/Billboard>
28#include <osg/PositionAttitudeTransform>
29#include <osg/ClipNode>
30#include <osg/AlphaFunc>
31#include <osg/TexGenNode>
32#include <osg/TexEnv>
33#include <osg/TexEnvCombine>
34#include <osg/Material>
35#include <osg/PrimitiveSet>
36#include <osg/Endian>
37#include <osg/BlendFunc>
38#include <osg/BlendEquation>
39#include <osg/TransferFunction>
40#include <osg/MatrixTransform>
41
42#include <osgDB/Registry>
43#include <osgDB/ReadFile>
44#include <osgDB/WriteFile>
45#include <osgDB/FileUtils>
46#include <osgDB/FileNameUtils>
47
48#include <osgGA/EventVisitor>
49#include <osgGA/TrackballManipulator>
50#include <osgGA/FlightManipulator>
51#include <osgGA/KeySwitchMatrixManipulator>
52
53#include <osgUtil/CullVisitor>
54
55#include <osgViewer/Viewer>
56#include <osgViewer/ViewerEventHandlers>
57
58#include <osgManipulator/TabBoxDragger>
59#include <osgManipulator/TabPlaneTrackballDragger>
60#include <osgManipulator/TrackballDragger>
61
62#include <osg/io_utils>
63
64#include <algorithm>
65#include <iostream>
66
67#include <osg/ImageUtils>
68#include <osgVolume/Volume>
69#include <osgVolume/VolumeTile>
70#include <osgVolume/RayTracedTechnique>
71#include <osgVolume/FixedFunctionTechnique>
72
73enum ShadingModel
74{
75    Standard,
76    Light,
77    Isosurface,
78    MaximumIntensityProjection
79};
80
81
82osg::Image* createTexture3D(osg::ImageList& imageList,
83            unsigned int numComponentsDesired,
84            int s_maximumTextureSize,
85            int t_maximumTextureSize,
86            int r_maximumTextureSize,
87            bool resizeToPowerOfTwo)
88{
89
90    if (numComponentsDesired==0)
91    {
92        return osg::createImage3DWithAlpha(imageList,
93                                        s_maximumTextureSize,
94                                        t_maximumTextureSize,
95                                        r_maximumTextureSize,
96                                        resizeToPowerOfTwo);
97    }
98    else
99    {
100        GLenum desiredPixelFormat = 0;
101        switch(numComponentsDesired)
102        {
103            case(1) : desiredPixelFormat = GL_LUMINANCE; break;
104            case(2) : desiredPixelFormat = GL_LUMINANCE_ALPHA; break;
105            case(3) : desiredPixelFormat = GL_RGB; break;
106            case(4) : desiredPixelFormat = GL_RGBA; break;
107        }
108
109        return osg::createImage3D(imageList,
110                                        desiredPixelFormat,
111                                        s_maximumTextureSize,
112                                        t_maximumTextureSize,
113                                        r_maximumTextureSize,
114                                        resizeToPowerOfTwo);
115    }
116}
117
118struct ScaleOperator
119{
120    ScaleOperator():_scale(1.0f) {}
121    ScaleOperator(float scale):_scale(scale) {}
122    ScaleOperator(const ScaleOperator& so):_scale(so._scale) {}
123
124    ScaleOperator& operator = (const ScaleOperator& so) { _scale = so._scale; return *this; }
125
126    float _scale;
127
128    inline void luminance(float& l) const { l*= _scale; }
129    inline void alpha(float& a) const { a*= _scale; }
130    inline void luminance_alpha(float& l,float& a) const { l*= _scale; a*= _scale;  }
131    inline void rgb(float& r,float& g,float& b) const { r*= _scale; g*=_scale; b*=_scale; }
132    inline void rgba(float& r,float& g,float& b,float& a) const { r*= _scale; g*=_scale; b*=_scale; a*=_scale; }
133};
134
135struct RecordRowOperator
136{
137    RecordRowOperator(unsigned int num):_colours(num),_pos(0) {}
138
139    mutable std::vector<osg::Vec4>  _colours;
140    mutable unsigned int            _pos;
141
142    inline void luminance(float l) const { rgba(l,l,l,1.0f); }
143    inline void alpha(float a) const { rgba(1.0f,1.0f,1.0f,a); }
144    inline void luminance_alpha(float l,float a) const { rgba(l,l,l,a);  }
145    inline void rgb(float r,float g,float b) const { rgba(r,g,b,1.0f); }
146    inline void rgba(float r,float g,float b,float a) const { _colours[_pos++].set(r,g,b,a); }
147};
148
149struct WriteRowOperator
150{
151    WriteRowOperator():_pos(0) {}
152    WriteRowOperator(unsigned int num):_colours(num),_pos(0) {}
153
154    std::vector<osg::Vec4>  _colours;
155    mutable unsigned int    _pos;
156
157    inline void luminance(float& l) const { l = _colours[_pos++].r(); }
158    inline void alpha(float& a) const { a = _colours[_pos++].a(); }
159    inline void luminance_alpha(float& l,float& a) const { l = _colours[_pos].r(); a = _colours[_pos++].a(); }
160    inline void rgb(float& r,float& g,float& b) const { r = _colours[_pos].r(); g = _colours[_pos].g(); b = _colours[_pos].b(); }
161    inline void rgba(float& r,float& g,float& b,float& a) const {  r = _colours[_pos].r(); g = _colours[_pos].g(); b = _colours[_pos].b(); a = _colours[_pos++].a(); }
162};
163
164void clampToNearestValidPowerOfTwo(int& sizeX, int& sizeY, int& sizeZ, int s_maximumTextureSize, int t_maximumTextureSize, int r_maximumTextureSize)
165{
166    // compute nearest powers of two for each axis.
167    int s_nearestPowerOfTwo = 1;
168    while(s_nearestPowerOfTwo<sizeX && s_nearestPowerOfTwo<s_maximumTextureSize) s_nearestPowerOfTwo*=2;
169
170    int t_nearestPowerOfTwo = 1;
171    while(t_nearestPowerOfTwo<sizeY && t_nearestPowerOfTwo<t_maximumTextureSize) t_nearestPowerOfTwo*=2;
172
173    int r_nearestPowerOfTwo = 1;
174    while(r_nearestPowerOfTwo<sizeZ && r_nearestPowerOfTwo<r_maximumTextureSize) r_nearestPowerOfTwo*=2;
175
176    sizeX = s_nearestPowerOfTwo;
177    sizeY = t_nearestPowerOfTwo;
178    sizeZ = r_nearestPowerOfTwo;
179}
180
181osg::Image* readRaw(int sizeX, int sizeY, int sizeZ, int numberBytesPerComponent, int numberOfComponents, const std::string& endian, const std::string& raw_filename)
182{
183    osgDB::ifstream fin(raw_filename.c_str(), std::ifstream::binary);
184    if (!fin) return 0;
185
186    GLenum pixelFormat;
187    switch(numberOfComponents)
188    {
189        case 1 : pixelFormat = GL_LUMINANCE; break;
190        case 2 : pixelFormat = GL_LUMINANCE_ALPHA; break;
191        case 3 : pixelFormat = GL_RGB; break;
192        case 4 : pixelFormat = GL_RGBA; break;
193        default :
194            osg::notify(osg::NOTICE)<<"Error: numberOfComponents="<<numberOfComponents<<" not supported, only 1,2,3 or 4 are supported."<<std::endl;
195            return 0;
196    }
197
198
199    GLenum dataType;
200    switch(numberBytesPerComponent)
201    {
202        case 1 : dataType = GL_UNSIGNED_BYTE; break;
203        case 2 : dataType = GL_UNSIGNED_SHORT; break;
204        case 4 : dataType = GL_UNSIGNED_INT; break;
205        default :
206            osg::notify(osg::NOTICE)<<"Error: numberBytesPerComponent="<<numberBytesPerComponent<<" not supported, only 1,2 or 4 are supported."<<std::endl;
207            return 0;
208    }
209
210    int s_maximumTextureSize=256, t_maximumTextureSize=256, r_maximumTextureSize=256;
211
212    int sizeS = sizeX;
213    int sizeT = sizeY;
214    int sizeR = sizeZ;
215    clampToNearestValidPowerOfTwo(sizeS, sizeT, sizeR, s_maximumTextureSize, t_maximumTextureSize, r_maximumTextureSize);
216
217    osg::ref_ptr<osg::Image> image = new osg::Image;
218    image->allocateImage(sizeS, sizeT, sizeR, pixelFormat, dataType);
219
220
221    bool endianSwap = (osg::getCpuByteOrder()==osg::BigEndian) ? (endian!="big") : (endian=="big");
222
223    unsigned int r_offset = (sizeZ<sizeR) ? sizeR/2 - sizeZ/2 : 0;
224
225    int offset = endianSwap ? numberBytesPerComponent : 0;
226    int delta = endianSwap ? -1 : 1;
227    for(int r=0;r<sizeZ;++r)
228    {
229        for(int t=0;t<sizeY;++t)
230        {
231            char* data = (char*) image->data(0,t,r+r_offset);
232            for(int s=0;s<sizeX;++s)
233            {
234                if (!fin) return 0;
235
236                for(int c=0;c<numberOfComponents;++c)
237                {
238                    char* ptr = data+offset;
239                    for(int b=0;b<numberBytesPerComponent;++b)
240                    {
241                        fin.read((char*)ptr, 1);
242                        ptr += delta;
243                    }
244                    data += numberBytesPerComponent;
245                }
246            }
247        }
248    }
249
250
251    // normalise texture
252    {
253        // compute range of values
254        osg::Vec4 minValue, maxValue;
255        osg::computeMinMax(image.get(), minValue, maxValue);
256        osg::modifyImage(image.get(),ScaleOperator(1.0f/maxValue.r()));
257    }
258
259
260    fin.close();
261
262    if (dataType!=GL_UNSIGNED_BYTE)
263    {
264        // need to convert to ubyte
265
266        osg::ref_ptr<osg::Image> new_image = new osg::Image;
267        new_image->allocateImage(sizeS, sizeT, sizeR, pixelFormat, GL_UNSIGNED_BYTE);
268
269        RecordRowOperator readOp(sizeS);
270        WriteRowOperator writeOp;
271
272        for(int r=0;r<sizeR;++r)
273        {
274            for(int t=0;t<sizeT;++t)
275            {
276                // reset the indices to beginning
277                readOp._pos = 0;
278                writeOp._pos = 0;
279
280                // read the pixels into readOp's _colour array
281                osg::readRow(sizeS, pixelFormat, dataType, image->data(0,t,r), readOp);
282
283                // pass readOp's _colour array contents over to writeOp (note this is just a pointer swap).
284                writeOp._colours.swap(readOp._colours);
285
286                osg::modifyRow(sizeS, pixelFormat, GL_UNSIGNED_BYTE, new_image->data(0,t,r), writeOp);
287
288                // return readOp's _colour array contents back to its rightful owner.
289                writeOp._colours.swap(readOp._colours);
290            }
291        }
292
293        image = new_image;
294    }
295
296    return image.release();
297
298
299}
300
301
302osg::TransferFunction1D* readTransferFunctionFile(const std::string& filename, float colorScale=1.0f)
303{
304    std::string foundFile = osgDB::findDataFile(filename);
305    if (foundFile.empty())
306    {
307        std::cout<<"Error: could not find transfer function file : "<<filename<<std::endl;
308        return 0;
309    }
310
311    std::cout<<"Reading transfer function "<<filename<<std::endl;
312
313    osg::TransferFunction1D::ColorMap colorMap;
314    osgDB::ifstream fin(foundFile.c_str());
315    while(fin)
316    {
317        float value, red, green, blue, alpha;
318        fin >> value >> red >> green >> blue >> alpha;
319        if (fin)
320        {
321            std::cout<<"value = "<<value<<" ("<<red<<", "<<green<<", "<<blue<<", "<<alpha<<")"<<std::endl;
322            colorMap[value] = osg::Vec4(red*colorScale,green*colorScale,blue*colorScale,alpha*colorScale);
323        }
324    }
325
326    if (colorMap.empty())
327    {
328        std::cout<<"Error: No values read from transfer function file: "<<filename<<std::endl;
329        return 0;
330    }
331
332    osg::TransferFunction1D* tf = new osg::TransferFunction1D;
333    tf->assign(colorMap);
334
335    return tf;
336}
337
338
339class TestSupportOperation: public osg::GraphicsOperation
340{
341public:
342
343    TestSupportOperation():
344        osg::GraphicsOperation("TestSupportOperation",false),
345        supported(true),
346        errorMessage(),
347        maximumTextureSize(256) {}
348
349    virtual void operator () (osg::GraphicsContext* gc)
350    {
351        OpenThreads::ScopedLock<OpenThreads::Mutex> lock(mutex);
352
353        glGetIntegerv( GL_MAX_3D_TEXTURE_SIZE, &maximumTextureSize );
354
355        osg::notify(osg::NOTICE)<<"Max texture size="<<maximumTextureSize<<std::endl;
356    }
357
358    OpenThreads::Mutex  mutex;
359    bool                supported;
360    std::string         errorMessage;
361    GLint               maximumTextureSize;
362};
363
364class DraggerVolumeTileCallback : public osgManipulator::DraggerCallback
365{
366public:
367
368    DraggerVolumeTileCallback(osgVolume::VolumeTile* volume, osgVolume::Locator* locator):
369        _volume(volume),
370        _locator(locator) {}
371
372
373    virtual bool receive(const osgManipulator::MotionCommand& command);
374
375
376    osg::observer_ptr<osgVolume::VolumeTile>    _volume;
377    osg::ref_ptr<osgVolume::Locator>            _locator;
378
379    osg::Matrix _startMotionMatrix;
380
381    osg::Matrix _localToWorld;
382    osg::Matrix _worldToLocal;
383
384};
385
386bool DraggerVolumeTileCallback::receive(const osgManipulator::MotionCommand& command)
387{
388    if (!_locator) return false;
389
390    switch (command.getStage())
391    {
392        case osgManipulator::MotionCommand::START:
393        {
394            // Save the current matrix
395            _startMotionMatrix = _locator->getTransform();
396
397            // Get the LocalToWorld and WorldToLocal matrix for this node.
398            osg::NodePath nodePathToRoot;
399            osgManipulator::computeNodePathToRoot(*_volume,nodePathToRoot);
400            _localToWorld = _startMotionMatrix * osg::computeLocalToWorld(nodePathToRoot);
401            _worldToLocal = osg::Matrix::inverse(_localToWorld);
402
403            return true;
404        }
405        case osgManipulator::MotionCommand::MOVE:
406        {
407            // Transform the command's motion matrix into local motion matrix.
408            osg::Matrix localMotionMatrix = _localToWorld * command.getWorldToLocal()
409                                            * command.getMotionMatrix()
410                                            * command.getLocalToWorld() * _worldToLocal;
411
412            // Transform by the localMotionMatrix
413            _locator->setTransform(localMotionMatrix * _startMotionMatrix);
414
415            // osg::notify(osg::NOTICE)<<"New locator matrix "<<_locator->getTransform()<<std::endl;
416
417            return true;
418        }
419        case osgManipulator::MotionCommand::FINISH:
420        {
421            return true;
422        }
423        case osgManipulator::MotionCommand::NONE:
424        default:
425            return false;
426    }
427}
428
429int main( int argc, char **argv )
430{
431    // use an ArgumentParser object to manage the program arguments.
432    osg::ArgumentParser arguments(&argc,argv);
433
434    // set up the usage document, in case we need to print out how to use this program.
435    arguments.getApplicationUsage()->setDescription(arguments.getApplicationName()+" is the example which demonstrates use of 3D textures.");
436    arguments.getApplicationUsage()->setCommandLineUsage(arguments.getApplicationName()+" [options] filename ...");
437    arguments.getApplicationUsage()->addCommandLineOption("-h or --help","Display this information");
438    arguments.getApplicationUsage()->addCommandLineOption("--images [filenames]","Specify a stack of 2d images to build the 3d volume from.");
439    arguments.getApplicationUsage()->addCommandLineOption("--shader","Use OpenGL Shading Language. (default)");
440    arguments.getApplicationUsage()->addCommandLineOption("--no-shader","Disable use of OpenGL Shading Language.");
441    arguments.getApplicationUsage()->addCommandLineOption("--gpu-tf","Aply the transfer function on the GPU. (default)");
442    arguments.getApplicationUsage()->addCommandLineOption("--cpu-tf","Apply the transfer function on the CPU.");
443    arguments.getApplicationUsage()->addCommandLineOption("--mip","Use Maximum Intensity Projection (MIP) filtering.");
444    arguments.getApplicationUsage()->addCommandLineOption("--isosurface","Use Iso surface render.");
445    arguments.getApplicationUsage()->addCommandLineOption("--light","Use normals computed on the GPU to render a lit volume.");
446    arguments.getApplicationUsage()->addCommandLineOption("-n","Use normals computed on the GPU to render a lit volume.");
447    arguments.getApplicationUsage()->addCommandLineOption("--xSize <size>","Relative width of rendered brick.");
448    arguments.getApplicationUsage()->addCommandLineOption("--ySize <size>","Relative length of rendered brick.");
449    arguments.getApplicationUsage()->addCommandLineOption("--zSize <size>","Relative height of rendered brick.");
450    arguments.getApplicationUsage()->addCommandLineOption("--maxTextureSize <size>","Set the texture maximum resolution in the s,t,r (x,y,z) dimensions.");
451    arguments.getApplicationUsage()->addCommandLineOption("--s_maxTextureSize <size>","Set the texture maximum resolution in the s (x) dimension.");
452    arguments.getApplicationUsage()->addCommandLineOption("--t_maxTextureSize <size>","Set the texture maximum resolution in the t (y) dimension.");
453    arguments.getApplicationUsage()->addCommandLineOption("--r_maxTextureSize <size>","Set the texture maximum resolution in the r (z) dimension.");
454    arguments.getApplicationUsage()->addCommandLineOption("--modulate-alpha-by-luminance","For each pixel multiply the alpha value by the luminance.");
455    arguments.getApplicationUsage()->addCommandLineOption("--replace-alpha-with-luminance","For each pixel set the alpha value to the luminance.");
456    arguments.getApplicationUsage()->addCommandLineOption("--replace-rgb-with-luminance","For each rgb pixel convert to the luminance.");
457    arguments.getApplicationUsage()->addCommandLineOption("--num-components <num>","Set the number of components to in he target image.");
458    arguments.getApplicationUsage()->addCommandLineOption("--no-rescale","Disable the rescaling of the pixel data to 0.0 to 1.0 range");
459    arguments.getApplicationUsage()->addCommandLineOption("--rescale","Enable the rescale of the pixel data to 0.0 to 1.0 range (default).");
460    arguments.getApplicationUsage()->addCommandLineOption("--shift-min-to-zero","Shift the pixel data so min value is 0.0.");
461    arguments.getApplicationUsage()->addCommandLineOption("--sequence-length <num>","Set the length of time that a sequence of images with run for.");
462    arguments.getApplicationUsage()->addCommandLineOption("--sd <num>","Short hand for --sequence-length");
463    arguments.getApplicationUsage()->addCommandLineOption("--sdwm <num>","Set the SampleDensityWhenMovingProperty to specified value");
464    arguments.getApplicationUsage()->addCommandLineOption("--lod","Enable techniques to reduce the level of detail when moving.");
465//    arguments.getApplicationUsage()->addCommandLineOption("--raw <sizeX> <sizeY> <sizeZ> <numberBytesPerComponent> <numberOfComponents> <endian> <filename>","read a raw image data");
466
467    // construct the viewer.
468    osgViewer::Viewer viewer(arguments);
469
470    // add the window size toggle handler
471    viewer.addEventHandler(new osgViewer::WindowSizeHandler);
472
473    {
474        osg::ref_ptr<osgGA::KeySwitchMatrixManipulator> keyswitchManipulator = new osgGA::KeySwitchMatrixManipulator;
475
476        keyswitchManipulator->addMatrixManipulator( '1', "Trackball", new osgGA::TrackballManipulator() );
477
478        osgGA::FlightManipulator* flightManipulator = new osgGA::FlightManipulator();
479        flightManipulator->setYawControlMode(osgGA::FlightManipulator::NO_AUTOMATIC_YAW);
480        keyswitchManipulator->addMatrixManipulator( '2', "Flight", flightManipulator );
481
482        viewer.setCameraManipulator( keyswitchManipulator.get() );
483    }
484
485    // add the stats handler
486    viewer.addEventHandler(new osgViewer::StatsHandler);
487
488    viewer.getCamera()->setClearColor(osg::Vec4(0.0f,0.0f,0.0f,0.0f));
489
490    // if user request help write it out to cout.
491    if (arguments.read("-h") || arguments.read("--help"))
492    {
493        arguments.getApplicationUsage()->write(std::cout);
494        return 1;
495    }
496
497    std::string outputFile;
498    while (arguments.read("-o",outputFile)) {}
499
500
501
502    osg::ref_ptr<osg::TransferFunction1D> transferFunction;
503    std::string tranferFunctionFile;
504    while (arguments.read("--tf",tranferFunctionFile))
505    {
506        transferFunction = readTransferFunctionFile(tranferFunctionFile);
507    }
508    while (arguments.read("--tf-255",tranferFunctionFile))
509    {
510        transferFunction = readTransferFunctionFile(tranferFunctionFile,1.0f/255.0f);
511    }
512
513    while(arguments.read("--test"))
514    {
515        transferFunction = new osg::TransferFunction1D;
516        transferFunction->setColor(0.0, osg::Vec4(1.0,0.0,0.0,0.0));
517        transferFunction->setColor(0.5, osg::Vec4(1.0,1.0,0.0,0.5));
518        transferFunction->setColor(1.0, osg::Vec4(0.0,0.0,1.0,1.0));
519    }
520
521    while(arguments.read("--test2"))
522    {
523        transferFunction = new osg::TransferFunction1D;
524        transferFunction->setColor(0.0, osg::Vec4(1.0,0.0,0.0,0.0));
525        transferFunction->setColor(0.5, osg::Vec4(1.0,1.0,0.0,0.5));
526        transferFunction->setColor(1.0, osg::Vec4(0.0,0.0,1.0,1.0));
527        transferFunction->assign(transferFunction->getColorMap());
528    }
529
530    {
531        // deprecated options
532
533        bool invalidOption = false;
534
535        unsigned int numSlices=500;
536        while (arguments.read("-s",numSlices)) { OSG_NOTICE<<"Warning: -s option no longer supported."<<std::endl; invalidOption = true; }
537
538        float sliceEnd=1.0f;
539        while (arguments.read("--clip",sliceEnd)) { OSG_NOTICE<<"Warning: --clip option no longer supported."<<std::endl; invalidOption = true; }
540
541
542        if (invalidOption) return 1;
543    }
544
545    float xMultiplier=1.0f;
546    while (arguments.read("--xMultiplier",xMultiplier)) {}
547
548    float yMultiplier=1.0f;
549    while (arguments.read("--yMultiplier",yMultiplier)) {}
550
551    float zMultiplier=1.0f;
552    while (arguments.read("--zMultiplier",zMultiplier)) {}
553
554
555    float alphaFunc=0.02f;
556    while (arguments.read("--alphaFunc",alphaFunc)) {}
557
558
559
560    ShadingModel shadingModel = Standard;
561    while(arguments.read("--mip")) shadingModel =  MaximumIntensityProjection;
562
563    while (arguments.read("--isosurface") || arguments.read("--iso-surface")) shadingModel = Isosurface;
564
565    while (arguments.read("--light") || arguments.read("-n")) shadingModel = Light;
566
567    float xSize=0.0f, ySize=0.0f, zSize=0.0f;
568    while (arguments.read("--xSize",xSize)) {}
569    while (arguments.read("--ySize",ySize)) {}
570    while (arguments.read("--zSize",zSize)) {}
571
572    osg::ref_ptr<TestSupportOperation> testSupportOperation = new TestSupportOperation;
573    viewer.setRealizeOperation(testSupportOperation.get());
574
575    viewer.realize();
576
577    int maximumTextureSize = testSupportOperation->maximumTextureSize;
578    int s_maximumTextureSize = maximumTextureSize;
579    int t_maximumTextureSize = maximumTextureSize;
580    int r_maximumTextureSize = maximumTextureSize;
581    while(arguments.read("--maxTextureSize",maximumTextureSize))
582    {
583        s_maximumTextureSize = maximumTextureSize;
584        t_maximumTextureSize = maximumTextureSize;
585        r_maximumTextureSize = maximumTextureSize;
586    }
587    while(arguments.read("--s_maxTextureSize",s_maximumTextureSize)) {}
588    while(arguments.read("--t_maxTextureSize",t_maximumTextureSize)) {}
589    while(arguments.read("--r_maxTextureSize",r_maximumTextureSize)) {}
590
591    // set up colour space operation.
592    osg::ColorSpaceOperation colourSpaceOperation = osg::NO_COLOR_SPACE_OPERATION;
593    osg::Vec4 colourModulate(0.25f,0.25f,0.25f,0.25f);
594    while(arguments.read("--modulate-alpha-by-luminance")) { colourSpaceOperation = osg::MODULATE_ALPHA_BY_LUMINANCE; }
595    while(arguments.read("--modulate-alpha-by-colour", colourModulate.x(),colourModulate.y(),colourModulate.z(),colourModulate.w() )) { colourSpaceOperation = osg::MODULATE_ALPHA_BY_COLOR; }
596    while(arguments.read("--replace-alpha-with-luminance")) { colourSpaceOperation = osg::REPLACE_ALPHA_WITH_LUMINANCE; }
597    while(arguments.read("--replace-rgb-with-luminance")) { colourSpaceOperation = osg::REPLACE_RGB_WITH_LUMINANCE; }
598
599
600    enum RescaleOperation
601    {
602        NO_RESCALE,
603        RESCALE_TO_ZERO_TO_ONE_RANGE,
604        SHIFT_MIN_TO_ZERO
605    };
606
607    RescaleOperation rescaleOperation = RESCALE_TO_ZERO_TO_ONE_RANGE;
608    while(arguments.read("--no-rescale")) rescaleOperation = NO_RESCALE;
609    while(arguments.read("--rescale")) rescaleOperation = RESCALE_TO_ZERO_TO_ONE_RANGE;
610    while(arguments.read("--shift-min-to-zero")) rescaleOperation = SHIFT_MIN_TO_ZERO;
611
612
613    bool resizeToPowerOfTwo = false;
614
615    unsigned int numComponentsDesired = 0;
616    while(arguments.read("--num-components", numComponentsDesired)) {}
617
618    bool useManipulator = false;
619    while(arguments.read("--manipulator") || arguments.read("-m")) { useManipulator = true; }
620
621
622    bool useShader = true;
623    while(arguments.read("--shader")) { useShader = true; }
624    while(arguments.read("--no-shader")) { useShader = false; }
625
626    bool gpuTransferFunction = true;
627    while(arguments.read("--gpu-tf")) { gpuTransferFunction = true; }
628    while(arguments.read("--cpu-tf")) { gpuTransferFunction = false; }
629
630    double sampleDensityWhenMoving = 0.0;
631    while(arguments.read("--sdwm", sampleDensityWhenMoving)) {}
632
633    while(arguments.read("--lod")) { sampleDensityWhenMoving = 0.02; }
634
635    double sequenceLength = 10.0;
636    while(arguments.read("--sequence-duration", sequenceLength) ||
637          arguments.read("--sd", sequenceLength)) {}
638
639    typedef std::list< osg::ref_ptr<osg::Image> > Images;
640    Images images;
641
642
643    std::string vh_filename;
644    while (arguments.read("--vh", vh_filename))
645    {
646        std::string raw_filename, transfer_filename;
647        int xdim(0), ydim(0), zdim(0);
648
649        osgDB::ifstream header(vh_filename.c_str());
650        if (header)
651        {
652            header >> raw_filename >> transfer_filename >> xdim >> ydim >> zdim >> xSize >> ySize >> zSize;
653        }
654
655        if (xdim*ydim*zdim==0)
656        {
657            std::cout<<"Error in reading volume header "<<vh_filename<<std::endl;
658            return 1;
659        }
660
661        if (!raw_filename.empty())
662        {
663            images.push_back(readRaw(xdim, ydim, zdim, 1, 1, "little", raw_filename));
664        }
665
666        if (!transfer_filename.empty())
667        {
668            osgDB::ifstream fin(transfer_filename.c_str());
669            if (fin)
670            {
671                osg::TransferFunction1D::ColorMap colorMap;
672                float value = 0.0;
673                while(fin && value<=1.0)
674                {
675                    float red, green, blue, alpha;
676                    fin >> red >> green >> blue >> alpha;
677                    if (fin)
678                    {
679                        colorMap[value] = osg::Vec4(red/255.0f,green/255.0f,blue/255.0f,alpha/255.0f);
680                        std::cout<<"value = "<<value<<" ("<<red<<", "<<green<<", "<<blue<<", "<<alpha<<")";
681                        std::cout<<"  ("<<colorMap[value]<<")"<<std::endl;
682                    }
683                    value += 1/255.0;
684                }
685
686                if (colorMap.empty())
687                {
688                    std::cout<<"Error: No values read from transfer function file: "<<transfer_filename<<std::endl;
689                    return 0;
690                }
691
692                transferFunction = new osg::TransferFunction1D;
693                transferFunction->assign(colorMap);
694            }
695        }
696
697    }
698
699
700    int sizeX, sizeY, sizeZ, numberBytesPerComponent, numberOfComponents;
701    std::string endian, raw_filename;
702    while (arguments.read("--raw", sizeX, sizeY, sizeZ, numberBytesPerComponent, numberOfComponents, endian, raw_filename))
703    {
704        images.push_back(readRaw(sizeX, sizeY, sizeZ, numberBytesPerComponent, numberOfComponents, endian, raw_filename));
705    }
706
707    int images_pos = arguments.find("--images");
708    if (images_pos>=0)
709    {
710        osg::ImageList imageList;
711        int pos=images_pos+1;
712        for(;pos<arguments.argc() && !arguments.isOption(pos);++pos)
713        {
714            std::string arg(arguments[pos]);
715            if (arg.find('*') != std::string::npos)
716            {
717                osgDB::DirectoryContents contents = osgDB::expandWildcardsInFilename(arg);
718                for (unsigned int i = 0; i < contents.size(); ++i)
719                {
720                    osg::Image *image = osgDB::readImageFile( contents[i] );
721
722                    if(image)
723                    {
724                        OSG_NOTICE<<"Read osg::Image FileName::"<<image->getFileName()<<", pixelFormat=0x"<<std::hex<<image->getPixelFormat()<<std::dec<<", s="<<image->s()<<", t="<<image->t()<<", r="<<image->r()<<std::endl;
725                        imageList.push_back(image);
726                    }
727                }
728            }
729            else
730            {
731                // not an option so assume string is a filename.
732                osg::Image *image = osgDB::readImageFile( arguments[pos] );
733
734                if(image)
735                {
736                    OSG_NOTICE<<"Read osg::Image FileName::"<<image->getFileName()<<", pixelFormat=0x"<<std::hex<<image->getPixelFormat()<<std::dec<<", s="<<image->s()<<", t="<<image->t()<<", r="<<image->r()<<std::endl;
737                    imageList.push_back(image);
738                }
739            }
740        }
741
742        arguments.remove(images_pos, pos-images_pos);
743
744        // pack the textures into a single texture.
745        osg::Image* image = createTexture3D(imageList, numComponentsDesired, s_maximumTextureSize, t_maximumTextureSize, r_maximumTextureSize, resizeToPowerOfTwo);
746        if (image)
747        {
748            images.push_back(image);
749        }
750        else
751        {
752            OSG_NOTICE<<"Unable to create 3D image from source files."<<std::endl;
753        }
754    }
755
756
757    // any option left unread are converted into errors to write out later.
758    arguments.reportRemainingOptionsAsUnrecognized();
759
760    // report any errors if they have occurred when parsing the program arguments.
761    if (arguments.errors())
762    {
763        arguments.writeErrorMessages(std::cout);
764        return 1;
765    }
766
767
768    // assume remaining arguments are file names of textures.
769    for(int pos=1;pos<arguments.argc();++pos)
770    {
771        if (!arguments.isOption(pos))
772        {
773            std::string filename = arguments[pos];
774            if (osgDB::getLowerCaseFileExtension(filename)=="dicom")
775            {
776                // not an option so assume string is a filename.
777                osg::Image* image = osgDB::readImageFile(filename);
778                if (image)
779                {
780                    images.push_back(image);
781                }
782            }
783            else
784            {
785                osgDB::FileType fileType = osgDB::fileType(filename);
786                if (fileType == osgDB::FILE_NOT_FOUND)
787                {
788                    filename = osgDB::findDataFile(filename);
789                    fileType = osgDB::fileType(filename);
790                }
791
792                if (fileType == osgDB::DIRECTORY)
793                {
794                    osg::Image* image = osgDB::readImageFile(filename+".dicom");
795                    if (image) images.push_back(image);
796                }
797                else if (fileType == osgDB::REGULAR_FILE)
798                {
799                    // not an option so assume string is a filename.
800                    osg::Image* image = osgDB::readImageFile( filename );
801                    if (image) images.push_back(image);
802                }
803                else
804                {
805                    osg::notify(osg::NOTICE)<<"Error: could not find file: "<<filename<<std::endl;
806                    return 1;
807                }
808            }
809        }
810    }
811
812    if (images.empty())
813    {
814        std::cout<<"No model loaded, please specify a volumetric image file on the command line."<<std::endl;
815        return 1;
816    }
817
818
819    Images::iterator sizeItr = images.begin();
820    int image_s = (*sizeItr)->s();
821    int image_t = (*sizeItr)->t();
822    int image_r = (*sizeItr)->r();
823    ++sizeItr;
824
825    for(;sizeItr != images.end(); ++sizeItr)
826    {
827        if ((*sizeItr)->s() != image_s ||
828            (*sizeItr)->t() != image_t ||
829            (*sizeItr)->r() != image_r)
830        {
831            std::cout<<"Images in sequence are not of the same dimensions."<<std::endl;
832            return 1;
833        }
834    }
835
836
837    osg::ref_ptr<osgVolume::ImageDetails> details = dynamic_cast<osgVolume::ImageDetails*>(images.front()->getUserData());
838    osg::ref_ptr<osg::RefMatrix> matrix = details ? details->getMatrix() : dynamic_cast<osg::RefMatrix*>(images.front()->getUserData());
839
840    if (!matrix)
841    {
842        if (xSize==0.0) xSize = static_cast<float>(image_s);
843        if (ySize==0.0) ySize = static_cast<float>(image_t);
844        if (zSize==0.0) zSize = static_cast<float>(image_r);
845
846        matrix = new osg::RefMatrix(xSize, 0.0,   0.0,   0.0,
847                                    0.0,   ySize, 0.0,   0.0,
848                                    0.0,   0.0,   zSize, 0.0,
849                                    0.0,   0.0,   0.0,   1.0);
850    }
851
852
853    if (xMultiplier!=1.0 || yMultiplier!=1.0 || zMultiplier!=1.0)
854    {
855        matrix->postMultScale(osg::Vec3d(fabs(xMultiplier), fabs(yMultiplier), fabs(zMultiplier)));
856    }
857
858    osg::Vec4 minValue(FLT_MAX, FLT_MAX, FLT_MAX, FLT_MAX);
859    osg::Vec4 maxValue(-FLT_MAX, -FLT_MAX, -FLT_MAX, -FLT_MAX);
860    bool computeMinMax = false;
861    for(Images::iterator itr = images.begin();
862        itr != images.end();
863        ++itr)
864    {
865        osg::Vec4 localMinValue, localMaxValue;
866        if (osg::computeMinMax(itr->get(), localMinValue, localMaxValue))
867        {
868            if (localMinValue.r()<minValue.r()) minValue.r() = localMinValue.r();
869            if (localMinValue.g()<minValue.g()) minValue.g() = localMinValue.g();
870            if (localMinValue.b()<minValue.b()) minValue.b() = localMinValue.b();
871            if (localMinValue.a()<minValue.a()) minValue.a() = localMinValue.a();
872
873            if (localMaxValue.r()>maxValue.r()) maxValue.r() = localMaxValue.r();
874            if (localMaxValue.g()>maxValue.g()) maxValue.g() = localMaxValue.g();
875            if (localMaxValue.b()>maxValue.b()) maxValue.b() = localMaxValue.b();
876            if (localMaxValue.a()>maxValue.a()) maxValue.a() = localMaxValue.a();
877
878            osg::notify(osg::NOTICE)<<"  ("<<localMinValue<<") ("<<localMaxValue<<") "<<(*itr)->getFileName()<<std::endl;
879
880            computeMinMax = true;
881        }
882    }
883
884    if (computeMinMax)
885    {
886        osg::notify(osg::NOTICE)<<"Min value "<<minValue<<std::endl;
887        osg::notify(osg::NOTICE)<<"Max value "<<maxValue<<std::endl;
888
889        float minComponent = minValue[0];
890        minComponent = osg::minimum(minComponent,minValue[1]);
891        minComponent = osg::minimum(minComponent,minValue[2]);
892        minComponent = osg::minimum(minComponent,minValue[3]);
893
894        float maxComponent = maxValue[0];
895        maxComponent = osg::maximum(maxComponent,maxValue[1]);
896        maxComponent = osg::maximum(maxComponent,maxValue[2]);
897        maxComponent = osg::maximum(maxComponent,maxValue[3]);
898
899#if 0
900        switch(rescaleOperation)
901        {
902            case(NO_RESCALE):
903                break;
904
905            case(RESCALE_TO_ZERO_TO_ONE_RANGE):
906            {
907                float scale = 0.99f/(maxComponent-minComponent);
908                float offset = -minComponent * scale;
909
910                for(Images::iterator itr = images.begin();
911                    itr != images.end();
912                    ++itr)
913                {
914                    osg::offsetAndScaleImage(itr->get(),
915                        osg::Vec4(offset, offset, offset, offset),
916                        osg::Vec4(scale, scale, scale, scale));
917                }
918                break;
919            }
920            case(SHIFT_MIN_TO_ZERO):
921            {
922                float offset = -minComponent;
923
924                for(Images::iterator itr = images.begin();
925                    itr != images.end();
926                    ++itr)
927                {
928                    osg::offsetAndScaleImage(itr->get(),
929                        osg::Vec4(offset, offset, offset, offset),
930                        osg::Vec4(1.0f, 1.0f, 1.0f, 1.0f));
931                }
932                break;
933            }
934        };
935#endif
936    }
937
938
939    if (colourSpaceOperation!=osg::NO_COLOR_SPACE_OPERATION)
940    {
941        for(Images::iterator itr = images.begin();
942            itr != images.end();
943            ++itr)
944        {
945            (*itr) = osg::colorSpaceConversion(colourSpaceOperation, itr->get(), colourModulate);
946        }
947    }
948
949    if (!gpuTransferFunction && transferFunction.valid())
950    {
951        for(Images::iterator itr = images.begin();
952            itr != images.end();
953            ++itr)
954        {
955            *itr = osgVolume::applyTransferFunction(itr->get(), transferFunction.get());
956        }
957    }
958
959    osg::ref_ptr<osg::Image> image_3d = 0;
960
961    if (images.size()==1)
962    {
963        osg::notify(osg::NOTICE)<<"Single image "<<images.size()<<" volumes."<<std::endl;
964        image_3d = images.front();
965    }
966    else
967    {
968        osg::notify(osg::NOTICE)<<"Creating sequence of "<<images.size()<<" volumes."<<std::endl;
969
970        osg::ref_ptr<osg::ImageSequence> imageSequence = new osg::ImageSequence;
971        imageSequence->setLength(sequenceLength);
972        image_3d = imageSequence.get();
973        for(Images::iterator itr = images.begin();
974            itr != images.end();
975            ++itr)
976        {
977            imageSequence->addImage(itr->get());
978        }
979        imageSequence->play();
980    }
981
982    osg::ref_ptr<osgVolume::Volume> volume = new osgVolume::Volume;
983    osg::ref_ptr<osgVolume::VolumeTile> tile = new osgVolume::VolumeTile;
984    volume->addChild(tile.get());
985
986    osg::ref_ptr<osgVolume::ImageLayer> layer = new osgVolume::ImageLayer(image_3d.get());
987
988    if (details)
989    {
990        layer->setTexelOffset(details->getTexelOffset());
991        layer->setTexelScale(details->getTexelScale());
992    }
993
994    switch(rescaleOperation)
995    {
996        case(NO_RESCALE):
997            break;
998
999        case(RESCALE_TO_ZERO_TO_ONE_RANGE):
1000        {
1001            layer->rescaleToZeroToOneRange();
1002            break;
1003        }
1004        case(SHIFT_MIN_TO_ZERO):
1005        {
1006            layer->translateMinToZero();
1007            break;
1008        }
1009    };
1010
1011    if (xMultiplier<0.0 || yMultiplier<0.0 || zMultiplier<0.0)
1012    {
1013        layer->setLocator(new osgVolume::Locator(
1014            osg::Matrix::translate(xMultiplier<0.0 ? -1.0 : 0.0, yMultiplier<0.0 ? -1.0 : 0.0, zMultiplier<0.0 ? -1.0 : 0.0) *
1015            osg::Matrix::scale(xMultiplier<0.0 ? -1.0 : 1.0, yMultiplier<0.0 ? -1.0 : 1.0, zMultiplier<0.0 ? -1.0 : 1.0) *
1016            (*matrix)
1017            ));;
1018    }
1019    else
1020    {
1021        layer->setLocator(new osgVolume::Locator(*matrix));
1022    }
1023    tile->setLocator(new osgVolume::Locator(*matrix));
1024
1025    tile->setLayer(layer.get());
1026
1027    tile->setEventCallback(new osgVolume::PropertyAdjustmentCallback());
1028
1029    if (useShader)
1030    {
1031
1032        osgVolume::SwitchProperty* sp = new osgVolume::SwitchProperty;
1033        sp->setActiveProperty(0);
1034
1035        osgVolume::AlphaFuncProperty* ap = new osgVolume::AlphaFuncProperty(alphaFunc);
1036        osgVolume::SampleDensityProperty* sd = new osgVolume::SampleDensityProperty(0.005);
1037        osgVolume::SampleDensityWhenMovingProperty* sdwm = sampleDensityWhenMoving!=0.0 ? new osgVolume::SampleDensityWhenMovingProperty(sampleDensityWhenMoving) : 0;
1038        osgVolume::TransparencyProperty* tp = new osgVolume::TransparencyProperty(1.0);
1039        osgVolume::TransferFunctionProperty* tfp = transferFunction.valid() ? new osgVolume::TransferFunctionProperty(transferFunction.get()) : 0;
1040
1041        {
1042            // Standard
1043            osgVolume::CompositeProperty* cp = new osgVolume::CompositeProperty;
1044            cp->addProperty(ap);
1045            cp->addProperty(sd);
1046            cp->addProperty(tp);
1047            if (sdwm) cp->addProperty(sdwm);
1048            if (tfp) cp->addProperty(tfp);
1049
1050            sp->addProperty(cp);
1051        }
1052
1053        {
1054            // Light
1055            osgVolume::CompositeProperty* cp = new osgVolume::CompositeProperty;
1056            cp->addProperty(ap);
1057            cp->addProperty(sd);
1058            cp->addProperty(tp);
1059            cp->addProperty(new osgVolume::LightingProperty);
1060            if (sdwm) cp->addProperty(sdwm);
1061            if (tfp) cp->addProperty(tfp);
1062
1063            sp->addProperty(cp);
1064        }
1065
1066        {
1067            // Isosurface
1068            osgVolume::CompositeProperty* cp = new osgVolume::CompositeProperty;
1069            cp->addProperty(sd);
1070            cp->addProperty(tp);
1071            cp->addProperty(new osgVolume::IsoSurfaceProperty(alphaFunc));
1072            if (sdwm) cp->addProperty(sdwm);
1073            if (tfp) cp->addProperty(tfp);
1074
1075            sp->addProperty(cp);
1076        }
1077
1078        {
1079            // MaximumIntensityProjection
1080            osgVolume::CompositeProperty* cp = new osgVolume::CompositeProperty;
1081            cp->addProperty(ap);
1082            cp->addProperty(sd);
1083            cp->addProperty(tp);
1084            cp->addProperty(new osgVolume::MaximumIntensityProjectionProperty);
1085            if (sdwm) cp->addProperty(sdwm);
1086            if (tfp) cp->addProperty(tfp);
1087
1088            sp->addProperty(cp);
1089        }
1090
1091        switch(shadingModel)
1092        {
1093            case(Standard):                     sp->setActiveProperty(0); break;
1094            case(Light):                        sp->setActiveProperty(1); break;
1095            case(Isosurface):                   sp->setActiveProperty(2); break;
1096            case(MaximumIntensityProjection):   sp->setActiveProperty(3); break;
1097        }
1098        layer->addProperty(sp);
1099
1100
1101        tile->setVolumeTechnique(new osgVolume::RayTracedTechnique);
1102    }
1103    else
1104    {
1105        layer->addProperty(new osgVolume::AlphaFuncProperty(alphaFunc));
1106        tile->setVolumeTechnique(new osgVolume::FixedFunctionTechnique);
1107    }
1108
1109    if (!outputFile.empty())
1110    {
1111        std::string ext = osgDB::getFileExtension(outputFile);
1112        std::string name_no_ext = osgDB::getNameLessExtension(outputFile);
1113        if (ext=="osg" || ext=="osgt" || ext=="osgx" )
1114        {
1115            if (image_3d.valid())
1116            {
1117                image_3d->setFileName(name_no_ext + ".dds");
1118                osgDB::writeImageFile(*image_3d, image_3d->getFileName());
1119            }
1120            osgDB::writeNodeFile(*volume, outputFile);
1121        }
1122        else if (ext=="ive" || ext=="osgb" )
1123        {
1124            osgDB::writeNodeFile(*volume, outputFile);
1125        }
1126        else if (ext=="dds")
1127        {
1128            osgDB::writeImageFile(*image_3d, outputFile);
1129        }
1130        else
1131        {
1132            std::cout<<"Extension not support for file output, not file written."<<std::endl;
1133        }
1134
1135        return 0;
1136    }
1137
1138    if (volume.valid())
1139    {
1140
1141        osg::ref_ptr<osg::Node> loadedModel = volume.get();
1142
1143        if (useManipulator)
1144        {
1145            osg::ref_ptr<osg::Group> group = new osg::Group;
1146
1147#if 1
1148            osg::ref_ptr<osgManipulator::Dragger> dragger = new osgManipulator::TabBoxDragger;
1149#else
1150            osg::ref_ptr<osgManipulator::Dragger> dragger = new osgManipulator::TrackballDragger();
1151#endif
1152            dragger->setupDefaultGeometry();
1153            dragger->setHandleEvents(true);
1154            dragger->setActivationModKeyMask(osgGA::GUIEventAdapter::MODKEY_SHIFT);
1155            dragger->addDraggerCallback(new DraggerVolumeTileCallback(tile.get(), tile->getLocator()));
1156            dragger->setMatrix(osg::Matrix::translate(0.5,0.5,0.5)*tile->getLocator()->getTransform());
1157
1158
1159            group->addChild(dragger.get());
1160
1161            //dragger->addChild(volume.get());
1162
1163            group->addChild(volume.get());
1164
1165            loadedModel = group;
1166        }
1167
1168
1169        // set the scene to render
1170        viewer.setSceneData(loadedModel.get());
1171
1172        // the the viewers main frame loop
1173        viewer.run();
1174    }
1175
1176    return 0;
1177}
Note: See TracBrowser for help on using the browser.